Affacciata su di una piazzetta retrostante l’Hotel Europa, nei pressi dell’Antico Castello sul Mare, la chiesa e l’ex complesso conventuale di San Francesco d’Assisi risalgono al 1519.
Nonostante le dimensioni abbastanza modeste, è l’unica chiesa del territorio rapallese costituita da quattro navate. All’interno, diviso da pilastri ottagonali bicromi, sono conservati, nel primo altare della navata destra, il dipinto attribuito al pittore Giovanni Battista Borzone raffigurante Sant’Antonio che resuscita un morto e, nella cappella a sinistra della navata maggiore, il gruppo ligneo del Cristo incoronato di spine, dello scultore Anton Maria Maragliano. Nella chiesa troviamo anche il “San Francesco sul giaciglio di rovi” di G.B. Casoni ed il “Battesimo di Gesù” attribuito a Luca Cambiaso.
Il convento, adiacente alla chiesa, ebbe alterne vicende ed è diventata proprietà del Comune di Rapallo nel 1850. Nei secoli è stato spesso adibito a sede scolastica, funzione che riveste tutt’ora.